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En estos juegos solo puedes elegir entre dos Pokémon iniciales dependiendo de tu edición, en la edición de Pikachu obtendrás un Pikachu y en la de Eevee un Eevee, pero ambos iniciales pueden ser abandonados más tarde en la parte más oscura del PC.

Pikachu y Eevee no pueden evolucionar, pero cuentan con IVs perfectos y una mejora en sus estadísticas, además de algunos movimientos exclusivos para que puedan mantenerse a la altura durante casi toda la aventura.

Puedes jugar con los iniciales de forma parecida a lo que se pudo ver anteriormente en Pokémon Sol y Luna o Pokémon X e Y por ejemplo, alimentarlos, acariciarlos, etc… gracias a esto aumentarás tu amistad con el Pokémon y más tarde recibirás aleatoriamente regalos de este.

Los clásicos iniciales Bulbasaur, Squirtle y Charmander podrán ser obtenidos más adelante en estado salvaje, además, es posible encontrarlos evolucionados y utilizar más tarde sus Megaevoluciones durante los combates.

Pikachu y Eevee pueden aprender movimientos exclusivos con los que no puede contar ningún otro Pokémon. Gracias a estos movimientos Pikachu y Eevee son mucho más poderosos y te será de gran utilidad durante la historia.

Al demostrar suficiente cariño a tu Pokémon inicial, algunas veces durante los combates te hará una señal, cuando aparezca esta señal solo tendrás que agitar el joy-con para que tu compañero utilice su poder especial.

También puede ocurrir cuando no esté tu inicial combatiendo, al realizar la misma acción animará al Pokémon que está combatiendo en ese momento y aumentarán sus características.

Movimientos de Pikachu: Salpikasurf y Pikatormenta.

Movimientos de Eevee: Eevimpacto, Vapodrenaje, Joltioparálisis y Flarembestida.

Podrás personalizar con atuendo y peinados a tu Pokémon inicial. En el caso de los peinados puedes usar la pantalla táctil para frotarle el pelo y cambiar su aspecto rápidamente. Su peinado será distinto en función de cómo lo hagas.